El Secretario General de Investigaciones es el encargado de llevar el control y supervisión de todas las causas que se tramitan en la Oficina Anticorrupción.
De la Secretaría General de Investigaciones que conduce, dependen las Prosecretarías Investigativas, que instruyen en los expedientes y realizan todas las diligencias ordenadas por el Fiscal Anticorrupción y/o el Secretario General.
El Secretario General de Investigaciones además recibe en ausencia del Fiscal Anticorrupción y del Fiscal Adjunto, toda tipo de documentación relacionada a las investigaciones, certifica la autenticidad de los documentos que se entregaren a los interesados, pone a despacho los escritos y documentos presentados debiendo proyectar o dictar en su caso las providencias simples, supervisa la organización de los expedientes y el cuidado de su buen estado e integridad y puede ordenar la guarda de los expedientes en soporte magnético, suscribe oficios librados en las actuaciones investigativas, organiza la capacitación del personal a su cargo y proyecta los dictámenes y resoluciones que el Fiscal Anticorrupción le requiera.